1986年8月2日，吉林省人民政府〔吉政函(1986)131号文〕批准建立吉林省查干湖自然保护区，列为省级自然保护区。设立吉林省查干湖自然保护区管理局，由前郭县政府领导，吉林省环境保护局负责业务指导。
2004年，吉林省人民政府批准了《吉林查干湖省级自然保护区总体规划》。
2007年4月6日，国务院(国办发[2007]20号)正式批准查干湖自然保护区为国家级自然保护区。
地理环境位置
吉林查干湖国家级自然保护区位于吉林省前郭尔罗斯蒙古族自治县、乾安县及大安市境内，范围在东经124°03′28″-124°30′59″，北纬45°05′42″-45°25′50″之间。
区域范围吉林查干湖国家级自然保护区划定了核心区、缓冲区和实验区三个功能区。其中:核心区3处(辛甸泡、高家、庙东)，面积为155.31平方公里，占保护区面积的31%;缓冲区3处，面积193.34平方公里，占保护区面积38%;其余为实验区，面积为158.19平方公里，占保护区面积的31%。