2012年10月29日，原中华人民共和国铁道部发布郑徐客运专线(今徐兰高速铁路郑徐段)招标信息，萧县北站为该线路的中间站;同年12月26日，郑徐客运专线(今徐兰高速铁路郑徐段)正式开工建设。

　　2014年5月4日，萧县北站获中国铁路总公司和安徽省人民政府批复同意建设。

　　2015年1月15日，萧县北站站房混凝土结构部分已结束;同年11月16日，中铁七局集团第二工程有限公司公司郑徐项目部淮萧联络线引入萧县北站站前路基地基处理开始施工;同年12月10日，萧县北站主体工程基本结束。

　　2016年8月19日，萧县北站试运行;同年9月4日，萧县北站开始售票;同年9月10日，随着郑徐高速铁路(今徐兰高速铁路郑徐段)开通，萧县北站同步开通。

　　2019年11月26日，萧县北站启用电子客票。

建筑设计

　　截至2017年底，萧县北站站房面积8000平方米，站房整体融入汉韵风格，主体外形似汉代官帽，并将当地的书画艺术元素设计其中，以白灰为主色调，体现简约大气的建筑特点。萧县北站设计有长途客车单向行驶车道和公交车专用疏散通道，站房通过4条道路与外界相联。

　　截至2017年底，萧县北站站场规模为2台6线(含正线)，站台是长150米，宽12米，高1.25米的岛式中间站台;途经线路为徐兰高速铁路和淮萧联络线。